L'histoire se déroule dans un monde abandonné des dieux où les terres dérivent au sein d'une "mer de nuages".
Alors qu'il voyage à travers ce monde, le héros va croiser par hasard la route de Lyria, une jeune femme pourchassée par le puissant Empire Erste. Il décide alors de lui prêter main forte et de l'accompagner dans sa quête.