Après le meurtre de Mia Fey (patronne du cabinet d'avocat où Phoenix Wright travaille), sa jeune sœur, Maya Fey, est retrouvée sur les lieux du crime et est ainsi inculpée du meurtre de sa sœur. Phoenix Wright, voulant savoir la vérité, se retrouve alors avocat de la jeune soeur et, au cours de cette affaire qu'il remporte en innocentant Maya, se voit léguer le cabinet d'avocats Fey et devient par la même occasion une sorte de tuteur pour Maya. S'ensuit alors bon nombre d'affaires où les deux complices feront de leur mieux pour innocenter les malheureux accusés à tort.

L'histoire du manga inspiré des jeux vidéos commence après l'épisode Trials and Tribulations mais se situe avant Apollo Justice. Il s'agit donc d'affaires complètements inédites où on retrouve Phoenix Wright, jeune avocat de la défense, en compagnie de Maya. Ils devront, comme à leur habitude, enquêter sur des affai