Année 2009. Orphelin, Minato Arisato intègre le dortoir Iwatodai, dans la ville de Port-Island. Le soir de son arrivée, un curieux garçon l'attend et lui demande de signer un étrange contrat. A ce moment, rien ne parassait normal dans ce dortoir, et pour cause : les résidents de celui-ci sont tous aptes à déployer leurs Personae, des entités issues de l'inconscient de chacun. L'utilité d'un pareil pouvoir ? Lutter contre les Shadow, d'étranges créatures faisant irruption durant la Dark Hour, une heure cachée, située entre 00h00 et 00h01. La particularité de cette période est que seuls certains humains peuvent la vivre tandis que les autres sont réduits à l'état de cercueils. Ainsi, Minato ne tardera pas à éveiller lui-même sa Persona, faisant de lui un membre de la SEES, le comité d’exécution des Shadow comprenant les résidents du dortoir Iwatodai. Mais de bataille en bataille, notre hér