Takuya Arima est un élève de troisième année au lycée Sakaimachi dont le père, un chercheur, a récemment disparu dans un accident. Alors que les vacances d'été approchent, Takuya reçoit un colis de son père contenant une mystérieuse relique se nommant Reflection Device. En suivant les instructions notées sur la lettre de son père, il se retrouve sur l'îlot Ken no Misaki et fait la rencontre d'une étrange jeune femme le prenant pour un certain "Yu-no". Celle-ci disparait aussitôt après l'avoir embrassé. Par la force des choses, Takuya va voyager à travers divers mondes parallèles dans le but de découvrir la vérité sur l'étrange disparition de ses parents.