La femme et l’enfant de Kenji Fujikido, simple employé de bureau, ont été les victimes collatérales d’une guerre entre des clans de ninjas. Désespéré et à l’article de la mort, Fujikido se retrouve possédé par l’âme de l’énigmatique ninja Naraku. À présent, son seul but sera d’éradiquer la pègre qui sévit dans la ville de Neo-Saitama, porté par une vengeance personnelle à assouvir. Rien ne pourra arrêter celui qu’on appelle désormais Ninja Slayer…

Dans la métropole futuriste de Neo Saitama, les batailles font rage entre les différents clans de ninjas, avides de nouveaux territoires. Au cœur de ces affrontements spectaculaires apparaît un homme mystérieux, qui n’a qu’un seul objectif : éradiquer tous les ninjas sur son chemin, à commencer par ceux du puissant Sôkai Syndicate… La légende de Ninja Slayer est en marche…