Il s'agit du 21e film de la franchise Pokémon. L'histoire n'a pas été précisée pour l'heure mais il pourrait s'agir d'une suite au film Pokémon: I Choose You!, sorti en 2017. On sait néanmoins que c'est le pokémon légendaire Lugia qui sera la vedette de cette nouvelle production.

Mewtwo est un Pokémon créé artificiellement par l'homme à partir de l'ADN du Pokémon le plus rare du monde, Mew. Doté de puissants pouvoirs psychiques, Mewtwo découvre que sa création est le résultat du désir d'un groupe de chercheurs de créer le Pokémon le plus puissant du monde. Envahi par l'incompréhension, le Pokémon, qui effectivement est extrêmement puissant, détruit le labo dans un élan de colère. Se posant des questions concernant l'intérêt de son existence, il pense trouver les réponses au travers de Giovanni, le chef de la célèbre Team Rocket. A son grand désarroi, ce dernier tentera de le manipuler pour devenir le maître Pokémon le plus puissant du monde. Epris d'une grande haine pour l'humanité et les hommes, Mewtwo échappe aux mains de Giovanni et décide de se venger en regroupant tous les meilleurs dresseurs Pokémon en un même lieu afin de les détruire.