Dans un avenir lointain, l'humanité vit entassée dans des colonies exiguës taillées dans la roche, un monde qu’on appelle le labyrinthe. Ceux qui sortent de ces zones, les Markers, s’exposent à un monde inconnu rempli de dangers. La petite Memempu supplie son père, Gagumber, de devenir un Marker afin de retrouver la trace de sa mère disparue. Il finit par accepter et forme, avec sa fille, une curieuse équipe partie explorer le labyrinthe…