Nagisa Misumi et Honoka Yukishiro sont deux collégiennes. Si Nagisa est plutôt sportive, Honoka est, quant à elle, plutôt studieuse. Un soir, Nagisa voit par la fenètre des centaines d'étoiles filantes dans le ciel. Elle fait un vœu et se retrouve en possession d'un petit appareil appelé "Compact" dans lequel se trouve une petite créature, Mepple. Mepple incite Nagisa à partir à la recherche de la princesse Mipple, Nagisa se retrouve alors face à Pisard, qui semble en vouloir à Mepple. Honoka est également présente. Les jeunes filles sont acculées et n'ont pas le choix, elles doivent devenir des Pretty Cure pour pouvoir affronter Pisard. Nagisa devient Black Cure, et Honoka, White Cure. Leurs combats ne font que commencer...

Hana Nono, adolescente de 13 ans, vient tout juste de déménager à cause du nouveau travail de sa mère et intègre une toute nouvelle école. Loin d'être attristée, elle voit cela comme une opportunité et tente de soigner son apparence et sa présentation afin d'avoir l'air plus adulte. Malheureusement, elle arrive en retard dès le premier jour et se fait surtout remarquer par sa maladresse et son énergie débordante. Plus tard, alors que la plupart des élèves de l'établissement s'écroulent, apathique, et qu'une étrange créature attaque le collège, Hana ne perd rien de son énergie. Reconnaissant Hugtan et son gardien, qu'elle avait rencontré peu avant, à proximité de la créature, elle s'interpose pour les protéger et est ainsi choisie par un "Crystal du Futur" pour devenir "Cure Yell".

Ichika Usami est une élève de deuxième année du collège dont la famille dirige la pâtisserie Kirakira. Un jour, elle rencontre une fée nommée Pekorin et apprend que des monstres maléfiques connus sous le nom de Henteko ont volé "Kirakiraru", l'énergie qui réside dans les bonbons et les desserts. Ainsi, Ichika devient un Pretty Cure et, aux côtés de quatre autres remèdes, forme le Kirakira PreCure a la Mode pour combattre le Henteko et protéger les bonbons.

L’histoire s’ouvre sur Hikaru et sa rencontre avec Lala, Prunce & Fuwa, trois extraterrestres tout droit tombés du ciel étoilé. Suite à cette rencontre, elle apprend l’existence d’un “Star Palace” où 12 “Star Princesses” veillaient sur l’équilibre de l’univers. Mais le jour où les “Star Princesses” se sont faites attaquer, Lala a dû partir à la recherche des légendaires Precure pour l’aider à trouver les 12 "Princess Star Color Pens” éparpillés à travers le Monde et permettant de faire revivre les 12 Princesses. C’est alors que l’ennemi apparaît et capture Fuwa! Hikaru ne réfléchit pas et souhaite de tout son cœur être capable de sauver Fuwa. En réponse à ce souhait, un Star Color Pendant et un Star Color Pen apparaissent pour lui permettre de se transformer en Cure Star. A partir de ce jour, Hikaru va travailler avec ces nouveaux amis pour trouver tous les Pens et élever Fuwa, la seule clé permettant de faire revivre les Princesses.