L'équilibre des mondes est maintenu par les héros. Soudain, un météore brûlant tombe sur l'un de ces mondes, appelé Neo World. Un jeune amnésique nommé Wukong Impulse Gundam apparaît à l'endroit où il a atterri. Le chaos qui commence avec cet incident se propage à travers les autres mondes, l'un après l'autre. Dans le même temps, Zhuge Liang Freedom Gundam apprend par l'astrologie une catastrophe imminente. Lui et son ami assermenté Liu Bei Unicorn Gundam agissent pour sauver les mondes de cette crise et entament un voyage avec Wukong. Que pensera Wukong Impulse Gundam en rencontrant les héros de chaque monde? Cette jeunesse apportera-t-elle la paix ou la catastrophe? Commence maintenant une nouvelle histoire de héros!

Jadis, trois Souverains descendirent du ciel vers les terres de Mirisha. D'après la légende, les trois Souverains utilisèrent leurs pouvoirs pour rétablir le calme sur ces terres. L'un devint le soleil et enveloppa le monde de sa clarté. Un autre devint la lune et soigna le monde par sa lueur. Le dernier devint la mer et nourrit le monde avec ses eaux. Il est prédit qu'une ère de conflit doit arriver. "Quand Mirisha est plongé dans les ténèbres, les âmes des trois Souverains doivent être confiées aux Gundams. Guidés seulement par le Sceau Sacré, ils purifieront le pays..." (Tiré des archives G.) Cette période de conflit sera connue en tant qu'Ère des trois royaumes, et cette période est arrivée.