Avec l'avènement de la technologie Photon, la flotte spatiale Oracle cherche de nouvelles planètes à explorer. Ils combattent les Falspawn, des abominations qui consument toute la vie sur leur chemin, avec les intrépides héros de l’organisation ARKS. Lorsque la cérémonie de remise des diplômes est interrompu suite à une attaque de Falspawn, le jeune élève-officier Ash s'est rendu compte qu'il venait d'être plongé au cœur d'un conflit de taille universelle.

L’histoire nous fait découvrir le quotidien d’adolescents en l’an 2027. Notre héros, Itsuki Tachibana fréquente l’école et pensionnat de Seiga Gakuen. Ce lycée mixte a pour but de former ses élèves pour en faire des citoyens modèles mais ces derniers préfèrent se passionner pour un jeu vidéo : Phantasy Star Online 2. Itsuki n’y prêtait pas attention jusqu’au jour où la très populaire présidente du conseil des élèves Rina Izumi l’invite à s’y intéresser.