Un jour, Yashiro Nene fait appel à Hanako, une "fille" de son école qui ne semble pas exactement en être une et qui, en plus, se trouve être l'un des plus grands mystères de son école. Alors qu'elle pensait pouvoir profiter de ses services et retourner à une vie normale, elle va devenir la servante de Hanako. Ce nouveau statut va alors inviter notre jeune lycéenne à vivre des aventures surnaturelles étonnantes et notamment à découvrir les différentes légendes urbaines qui planent sur son établissement.

Depuis leur rencontre aux toilettes, Hanako-kun et son assistante humaine, Nene Yashiro, font tout ce qui est en leur pouvoir pour maintenir le fragile équilibre entre le monde des humains et celui des esprits. Avec les multiples incidents surnaturels qui ont lieu au sein de l’Académie Kamome, le duo a généralement fort à faire au quotidien ! Mais que font-ils lorsqu’ils ont un petit moment de répit ? Participer à des jeux, changer de sexe, tomber malades, ou encore découvrir les nombreux secrets qui bouleversent le monde : les activités ne manquent pas lorsqu’il s’agit de passer un peu de bon temps après les cours…