Mitsuha et Taki sont deux lycéens vivant dans deux environnements opposés. Elle est coincée dans une bourgade de province et rêve de partir pour la grande ville. Lui habite à Tokyô et partage son temps entre l'école et les petits boulots. Du jour au lendemain, les deux jeunes gens vont commencer à échanger leurs corps. Un phénomène inexplicable qu'ils ne contrôlent pas, et qui va les obliger à coopérer à distance pour comprendre comment empêcher un désastre à venir.

Jeune lycéen, Hodaka fuit son île pour rejoindre Tokyo. Sans argent ni emploi, il tente de survivre dans la jungle urbaine et trouve un poste dans une revue dédiée au paranormal. Un phénomène météorologique extrême touche alors le Japon, exposé à de constantes pluies. Hodaka est dépêché pour enquêter sur l'existence de prêtresses du temps. Peu convaincu par cette légende, il change soudainement d'avis lorsqu'il croise la jeune Hina...

Collaboration commerciale entre Suntory et Kimi no Na wa..#1 Mitsuha no omoi (sentiments de Mitsuha) : centré sur le personnage de Mitsuha Miyamizu buvant l'eau parfumé au yogurt Minami Alps Tennensui Yogurina de la marque Suntory#2 Taki no omoi (sentiments de Taki) : centré sur le personnage de Taki Tachibana buvant l'eau minérale Minami Alps Ten'nensui de la marque Suntory#3 Kasanaru omoi (sentiments qui coïncident) : mix des deux premières pubs (durant 30 secondes)