A l'ère Edo, le Japon a été conquis par des extraterrestres appelés Amanto, des créatures de formes diverses, mais toutes plus ou moins humanoïdes. Dès lors, une futurisation radicale tranchant avec le décor classique du Japon se met en place et les Amanto interdisent le port du sabre en public. Malgré tout, il en reste qui préfèrent conserver leur bushido, le code de l'honneur des samurai. Dans ce Japon complètement anachronique, subsistent ainsi des personnes qui refusent d'abandonneur leur sabre. Parmi eux, Gintoki Sakata, ancien samurai excentrique. Avec son comparse, Shinpachi Shimura et l'extraterrestre Kagura, ils forment un groupe d'"homme-à-tout-faire" prêts à tout pour pouvoir payer leur loyer.

Après de longues années, Ren Homura retourne à son ancienne résidence, mais il ne se sent pas à l'aise : il ne possède pas la mémoire d'y avoir vécu. Sans avertissement et sans sa permission, un jeu appelé "Strike Monster" s'installe lui-même dans son smartphone. Des monstres du jeu sortent littéralement de son téléphone et commencent à se battre dans les rues. C'est en regardant ces monstres se battre que Ren commence à se rappeler de son passé.