Itsuka Shido est un lycéen. Le dernier jour des vacances de printemps, une explosion détruit la ville et une fille en armure apparaît en face de lui. Kotori, la belle sœur de Shido mais également commandant de l’organisation militaire Ratatosk, lui apprend que la fille est un esprit qui déstabilise l’espace-temps. La seule manière d’arrêter cette catastrophe c’est qu’elle rencontre enfin l’amour. Une mission que Shido aura du mal à relever.