Kotoko Iwanaga, 15 ans, est tombée amoureuse de Kurou Sakuragawa après l'avoir aidé à l'hôpital. Cependant, Kurou a déjà une petite amie et Kotoko ne peut donc rien y faire. Deux ans plus tard, après l'avoir longuement observé, le garçon se retrouve seul et c'est ainsi que la jeune fille décide de l'aborder. Leur conversation va finir sur l'enfance de Kotoko, qui, à l'âge de 7 ans, s'est retrouvée dans une forêt avec des esprits en tous genres avec qui elle a conclu un pacte : devenir leur dieu de la sagesse. En effet, les yôkais, ayakashis et autres esprits japonais possèdent une intelligence peu développée et demandent alors des conseils à Kotoko. En échange, ils aident la jeune fille dans d'autres tâches. Mais lors de sa disparition, elle a également perdue son œil droit et sa jambe gauche. Curieux des propos de Kotoko, Kurou décide de se renseigner et de la revoir plus tard. C'est ai