On dit que 70% du cerveau humain est inutilisé. On pense que les incroyables pouvoirs de l'homme sont cachés à l'intérieur de ces 70%. Ces 70% du cerveau inutilisés sont connus sous le nom de Night Head. Night Head Genesis nous raconte l'histoire de 2 jeunes frères, Naoto et son petit frère Naoya. Ils sont envoyés par leur famille dans un centre spécialisé après qu'on eut découvert qu'ils possédaient la Night Head. Le premier jour de leur détention dans le centre, ils essayent de s'enfuir, mais une barrière invisible les en empêche. Ils sont désormais coupés du monde, abandonnés par tous. Quinze années plus tard, Naoto et Naoya ont grandi et parviennent finalement à franchir la barrière invisible, suite au décès du directeur du centre. Désormais, ils partent en quête de leur liberté volée...