Lucy, une diclonius (mutante aux pouvoirs très dangereux, créée par les humains), est gardée dans un laboratoire de haute sécurité dans lequel des études sont réalisées sur ces êtres surhumains. Suite à un accident, elle parvient à s'échapper en tuant sauvagement toute personne entravant son chemin. Une fois à l'extérieur du bâtiment, un garde sniper réussit à la toucher en pleine tête et la fait tomber dans la mer. Le lendemain, Kouta, un jeune garçon qui revient dans sa ville natale, donne un rendez-vous à sa cousine Yuka qu'il n'avait plus vu depuis son enfance. Ils décident alors d'aller à la plage, où ils rencontrent une jeune fille mystérieuse qui a apparemment perdu la mémoire. Sans savoir où elle habite, Kouta et Yuka l'emmènent chez eux et la prénomme Nyuu. Suite à l'évasion qui s'est produite au laboratoire, l'Unité d'Assaut Spécial a reçu le feu vert pour éliminer la fugitive Lucy, qui se révèle être la mystérieuse Nyuu...