Naruto est de retour à Konoha trois ans après son voyage d'entraînement avec Jiraiya. Konoha n'a pas changé, enfin presque. Notre cher héros retrouve une Sakura bien plus forte, un Kakashi toujours fidèle à lui-même, et des compagnons qui n'ont pas l'air d'avoir chômé ces trois dernières années, mais les retrouvailles seront de courte durée... Akatsuki reprend aussi du service et, qui plus est, a l'air de sortir les grands moyens pour exécuter ses plans. Naruto et les autres équipes sont dépêchés pour les contrer, un bon moyen pour voir les résultats d'entraînement de tous. Tout au long des ses aventures, Naruto devra faire face à divers périples et choix bien plus difficiles qu'auparavant. Il devra fournir plus d'efforts et changer d'attitude pour protéger ses amis et surtout espérer ramener Sasuke...

Naruto est un garçon un peu spécial. Solitaire au caractère fougueux, il n’est pas des plus appréciés dans son village. Malgré cela, il garde au fond de lui une ambition: celle de devenir un « maître Hokage », la plus haute distinction dans l’ordre des ninjas, et ainsi obtenir la reconnaissance de ses pairs mais cela ne sera pas de tout repos… Suivez l’éternel farceur dans sa quête du secret de sa naissance et de la conquête des fruits de son ambition!