Mitsuha est une jeune fille de 18 ans que l'on prend souvent pour une collégienne en raison de son visage enfantin et de sa petite taille. L'histoire commence lorsqu'elle perd ses parents et son frère aîné dans un accident et se retrouve alors seule au monde.
À cause du choc, elle échoue à ses examens d'entrée à l'université tandis que des personnes cherchent à s’emparer de l’argent de l'assurance-vie de ses parents.
Un peu perdue et alors qu'elle se demande comment elle va survivre, elle reçoit un mystérieux pouvoir lui permettant d'aller et venir entre « notre monde » et un « isekai » ! À présent, elle élabore un plan astucieux pour préparer son avenir dans lequel elle prévoit d’économiser 1 milliard de yens dans chaque monde, soit un total de 2 milliards de yens (80 000 pièces d'or) !