Dans Blue Archive, le joueur incarne un enseignant, appelé à se rendre dans la ville académique de Kivotos, créée suite à l’union de milliers d’académies, par le président du conseil général des étudiants.

Seulement, ce dernier disparait soudainement, résultant en une rapide hausse de la criminalité dans la ville. En réponse à cette problématique, les autres membres du conseil chargent le joueur de les aider à retrouver le président et de mettre fin aux différents conflits.