Lors d'un petit boulot comme les autres, un étrange individu projette soudain Gin dans le futur. Un futur bien sombre : cinq ans plus tard, la planète est ravagée, un mystérieux virus a contaminé la population, et les Yorozuyas se sont séparés à la suite... de sa mort. Quelle peut être la cause d'un tel cataclysme, et comment renverser une telle tragédie? Pour l'apprendre, Gintoki devra lutter contre le temps, la destinée, et un adversaire pire encore.

L'histoire débute au moment où la Terre se fait envahir par des extraterrestres appelés les Amanto. Ces derniers, technologiquement très avancés, vont imposer leur loi : tout samouraï devra se défaire de son sabre. C'en est fini de la voie du Bushido! C'est dans cette période de troubles, que Gintoki Sakata, jeune homme qui ne quitte pas son sabre de bois, décide de s'établir en tant que samouraï freelance. Il offrira ses services pour n'importe quel petit boulot pour lequel on voudra bien le payer. Il sera rejoint plus tard par ses amis Shinpachi et Kagura.