Une trentaine d'années après la Troisième Guerre Mondiale, la ville de Tokyo, désormais rebaptisée Neo-Tokyo, est dévastée et assaillie par des bandes de jeunes. De plus, des complots politiques et révolutionnaires tournent autour d'Akira, un mystérieux enfant à la psychie particulièrement intrigante.Kaneda est le leader d'une bande de jeunes motards, dont l'un des membres, Tetsuo a un accident de la route en voulant éviter un garçon au visage de vieillard. Il est alors capturé par l'armée japonaise qui effectue des tests sur lui, ce qui le dote de pouvoir surnaturels. Il arrive à s'échapper, mais lorsqu'il retrouve son gang, il se rebelle contre Kaneda et finit par quitter le groupe.

Dans l'univers apocalyptique d'un Tokyo post-atomique, Kaneda et sa bande vivent la nuit et se disputent leur territoire avec les autres clans. Tetsuo, un ami de Kaneda, est victime d'un étrange accident lors d'une guerre des gangs. Evacué par des militaires, il sert alors de cobaye et reçoit un pouvoir psychique qui dépasse sa conscience : il est victime du projet AKIRA...