Konoha est désormais florissant et à la pointe de la technologie. Il est dirigé par Naruto, le septième Hokage. Celui-ci n'a que bien peu de temps à consacrer à sa famille, ce qui est insupportable aux yeux de son fils Boruto. N'importe quel moyen est bon pour attirer l'attention de son père indigne, réussir l'examen Chûnin par exemple. Et lorsqu'il rencontre Sasuke, le jeune garçon n'a plus qu'une idée en tête : en devenir l'élève. Mais il a d'autres priorités : en effet, de mystérieux détenteurs du rinnegan semblent déterminés à finaliser l’œuvre de Kaguya.