Depuis 3 ans à Tokyo, on retrouve de plus en plus des corps vidés de tout leur fluide corporel.
Narumi Kure, jeune flic plutôt rationnel, est mandaté pour venir résoudre cette série de meurtres. Il va faire équipe avec le lieutenant Minoru Sagisaka, féru de mythologie traditionnelle, qui pense que c'est l'œuvre d'un Kappa.
Parallèlement on rencontre Eko, un Karas, protecteur de Tokyo. Il a cependant abandonné son devoir et tente de prendre le pouvoir des mondes humain et fantôme.
Quant à Yurine, la protectrice des fantômes, elle doit désigner un nouveau Karas afin de faire rétablir l'ordre dans la ville de Tokyo.