Sena Kobayakawa, le héros de l'histoire, est un jeune homme frêle et craintif. À force de jouer les larbins pour les autres, il a acquis une vitesse de course phénoménale. Dès son arrivée au lycée, il est remarqué par Yoichi Hiruma, le démoniaque quarterback de l'équipe de football américain de son lycée, les Deimon Devil Bats. Si au début Sena accepte d'en faire partie en tant que simple manager, il va rapidement devenir Eyeshield 21, le mystérieux running back de l'équipe. Incognito derrière sa visière teintée, il constitue par sa rapidité l'arme secrète des Devil Bats. L'histoire se focalise tout autant sur l'évolution de l'équipe, sur l'élargissement de son effectif, et sur le rêve irréaliste des vétérans du club, Hiruma et Kurita, de participer au Christmas Bowl.