Tokyo Alien Bros raconte les péripéties de deux extraterrestres envoyés sur Terre afin de déterminer si leur race pourrait s'y installer. Prenant la forme de deux étudiants baptisés Fuyunosuke et Natsutarô, ils posent un regard candide sur leur quotidien et tentent de dialoguer avec les autochtones avec un talent aussi fortuit que certain pour faire naître les quiproquos. Les corps des héros sont plutôt délicats, et le moindre accident menace de les défigurer ou de les estropier temporairement, sans parler des effets spectaculaires de certains aliments sur leurs capacités physiques. Quelles conclusions ces visiteurs de l'espace vont-ils tirer de leurs observations, et comment parviendront-ils à préserver leur couverture ?