Sacha est un jeune garçon de 10 ans qui rêve de devenir Maître Pokémon. À cet âge, il peut recevoir son premier Pokémon : Bulbizarre, Salamèche ou Carapuce. Il est en retard quand il se rend au laboratoire du Professeur Chen et sur sa route, il se heurte à Régis, son ami d’enfance. Le Professeur lui affirme avoir donné tous ses Pokémon. Mais c’est en voyant Sacha triste qu’il décide de lui confier un Pikachu assez spécial. Sans douter une seconde, il accepte. Il va, par la suite vivre une aventure extraordinaire et rencontrer de nouveaux amis. C’est une grande odyssée qui commence.

Echoués sur l'île de Shamouli après le naufrage de leur bateau, Sasha et ses amis sont secourus par les autochtones et accueillis chaleureusement. Une chance pour nos aventuriers, ils vont pouvoir participer à la fête annuelle de l'île, une fête en l'honneur des 3 oiseaux légendaires : Sulfara, Articodin et Electhor. Ces trois Pokémon, bien qu'ils se détestent mutuellement, représentent l'équilibre de la nature. S'ils viennent à quitter leurs îles respectives, l'avenir de la terre pourrait bien être compromis. Hors un collectionneur, Gelardan, capture deux de ses oiseaux, déclenchant de nombreux catastrophes naturelles. Son but est de les confronter afin de faire apparaître le Pokémon Lugia, censé être le seul Pokémon capable de les arrêter, et de le capturer afin de l'ajouter à sa grande collection personnel de Pokémon.