Bonne nuit Punpun nous raconte le quotidien d’un jeune garçon de CM1 nommé Punpun. La fille qu’il aime vient de quitter son école mais fort heureusement une nouvelle vient d’arriver : elle s’appelle Aiko et il en tombe fou amoureux !
Pourtant, la vie de Punpun bascule le jour où son papa est envoyé en prison après avoir roué sa femme de coups. L’oncle emménage chez le jeune garçon. Les journées de Punpun sont partagées entre les cours, les moments complices avec Aiko et les copains avec qui il découvre les mystères de la sexualité…
Pour Punpun et ses amis c’est le début d’une nouvelle aventure qui est finalement celle de la vie.