Ce film reprend l'intrigue de Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A's. Le scénario est le même, mais certaines scènes ont été animées différemment, et certaines pistes musicales sont nouvelles.

Nonoha est une brillante écolière qui vit entourée de sa famille et de ses amis. Elle n'a aucune confiance en elle et cherche sa vocation. Un jour, elle rencontre un furet blessé, qui n'est autre qu'un jeune garçon venu d'une autre dimension, Yunno. Il s'est rendu sur Terre afin de retrouver les Jewel Seed qui permettent à ceux qui les gardent de pouvoir exaucer n'importe quel rêve. Mais elles peuvent aussi se révéler très dangereuses. Nanoha va essayer de l'aider dans sa quête et elle recevra de mystérieux pouvoirs magiques.