L'histoire se déroule dans un monde chaotique où les humains tentent tant bien que mal de survivre face à une menace grandissante : les Kabane. Ces derniers, dont le cœur est en acier, dévorent tous les humains qu'ils croisent. Afin de se préserver de cette menace, les populations se sont réfugiées dans d'immenses forteresses baptisées stations, reliées entre elle par des trains blindés, les Hayajiro. Ikoma, qui a autrefois fuit face aux Kabane, vit désormais dans l'une de ces forteresse. Mais, à présent, il a la ferme intention de lutter pour survivre.

L'histoire se déroule dans un monde où les humains sont contraints de vivre dans des stations fortifiées pour échapper aux Kabanes, des créatures de cauchemar dont la morsure infecte le corps de la malheureuse victime et la transforme elle-même en Kabane. Lorsqu'il était plus jeune, Ikoma a vu sa station se faire envahir par les Kabanes et a tout perdu. Mais il est désormais déterminé à se battre et à trouver un moyen de détruire ces monstres définitivement.