L'histoire de Fate/Apocrypha se passe dans un monde alternatif de Fate/stay night, où le Saint Graal a disparu depuis plusieurs années après la Troisième Guerre du Graal.

Dans les années 2000, le groupe prétendant avoir le Graal, Yggdmillennia, déclare la fin de L'Association des Mages.

L'Association riposte en envoyant une cinquantaine de mages, cependant, il se font tous abattre par un Servant Noir se faisant appeler Lancer. Mais, un survivant parvient à activer le système de secours du Saint Graal, invoquant ainsi quatorze Servants au total.

Ceci marque alors le début d'une Grande Guerre du Saint Graal dans la ville de Trifas, où deux factions s'affrontent : la faction Noire, principalement composée des membres du groupe Yggdramillennia, et la faction Rouge, composée des membres de L'Association des Mages, excepté ceux de l'église. Le Saint Graal lui-même agira en ta