Tetsuya Tsurugi est un orphelin élevé par le professeur Kenzo Kabuto (père de Koji Kabuto, le héros de Mazinger Z), qui s'est fait lui-même passer pour mort afin de mieux préparer la défense de la terre contre des invasions. Le père du professeur Kenzo Kabuto avait mis au point le robot géant Mazinger Z, son fils crée Great Mazinger, une version encore plus puissante du même robot et entraîne Tetsuya à le piloter. Devenu adulte, Tetsuya est prêt à affronter la menace de l'empire de Mykene, une race d'humanoïdes venus du centre de la terre. Mazinger Z étant dépassé par ces nouveaux envahisseurs, Great Mazinger arrive à temps pour le sauver. Koji étant parti compléter ses études à la NASA, Tetsuya se retrouve à l'avant-poste pour lutter contre l'empire de Mykene et ses attaques régulières de monstres mécaniques géants.