Pastel raconte l'histoire de Mugi Tadano, jeune adolescent dont le père, photographe, le laisse souvent seul. Mugi rencontre un jour une jeune fille, Yuu Tsukiyaki. Il apprend en rentrant chez lui qu'elle et sa petite sœur, Tsukasa, vont habiter avec lui car devenues orphelines. De là, Mugi, amoureux de Yuu, tentera de protéger leur bien-être et de les rendre heureuses, tout en cherchant une solution pour se rapprocher d'elle.