Gun X Sword est l'histoire d'un homme : Van, qui est à la recherche d'un mystérieux homme avec une main artificielle qui a des griffes. Cet homme a tué sa fiancée le jour de leur mariage. Gun X Sword, c'est aussi l'histoire de Wendy, une jeune fille que Van rencontre au début de la série alors qu'elle se fait attaquer par des voyous. Cette jeune fille est à la recherche de son frère qui lui, on l'apprendra un peu plus tard au cours de l'histoire, est parti avec l'homme que Van recherche.