La destruction d'un générateur de chaos, fabriqué par le professeur Eggman, provoque une fissure spatiotemporelle conduisant Sonic et ses amis dans notre monde. Ayant trouvé refuge chez Chris, le hérisson bleu trouve un moyen de rentrer chez lui, tout en contrecarrant les plans d'Eggman visant à conquérir la Terre.

Eggman, l'ennemi juré de Sonic finalise sa dernière invention, "Hyper Metal Sonic". Pendant ce temps, Sonic passe des jours agréables au bord de la plage avec Tails jusqu'au moment où on leur annonce qu'ils devront aidé Eggman à combattre un ennemi encore plus puissant. Cet ennemi ce fait appelé "Black Eggman" et a déjà conquis la dimension obscure de la planète Freedom lieu où se situe la base d'Eggman. A l'origine, cet épisode de la saga Sonic a été diffusé sous forme d'un OAV (deux épisodes), il a finalement été repris pour un faire un film.