Basé sur le roman Vatican Kiseki Chousakan de Rin Fujiki. L'histoire se centre sur Hiraga Josef K?, un scientifique très talentueux et de Robert Nicholas, un expert en archives et en cryptanalyse. Ces derniers travaillent en équipe pour le Vatican en tant que examinateur de miracles. Ils vont ainsi voyager dans différentes destinations du monde pour examiner l'authenticité des revendications de miracles.

Les pères Hiraga et Nicholas font partie du Siège des Saints, une institution spéciale du Vatican chargée d'authentifier les miracles. Ensemble, ils enquêtent pour distinguer le vrai du faux grâce à leurs capacités d'analyse exceptionnelles. Leur prochaine mission va les entraîner en Amérique où ils vont se retrouver au cœur d'un complot diabolique !