Il y a 12 000 ans, une guerre commence et oppose les anges déchus d'Atlantis, gardiens de l'Arbre de vie, aux humains. Pendant cette bataille, un ange déchu nommé Appolonius et surnommé aussi "Les Ailes du Soleil" avait trahi les siens pour l'amour d'une humaine, Siren. Pour protéger les humains, il prit les commandes d'un mecha, nommé Aquarion, et remporta la bataille. Cependant longtemps après cette bataille, le conflit se reproduisit. Afin d'assurer la sécurité de l'humanité, un groupe de protection lutte contre les invasions répétées des anges déchus, qui s'emparent de l'énergie vitale des humains, pour nourrir leur Arbre de vie. Grâce aux vectors, un type d'Aquarion peut être alors crée (Solar, Luna, ou Mars) et contrôlé par des pilotes possédant des pouvoirs particuliers. Mais qui sont réellement ces pilotes ?...

Dans un avenir lointain, une organisation appelée "Deava" a dû se battre contre les "Shadow Angels", des créatures qui ont survécu plus de 12.000 ans dont le seul but est de détruire l'humanité.Apollo, un homme d'apparence ordinaire, est en fait la réincarnation d'un ange déchu nommé Apollonius. Il va devoir se battre contre le Shadow Angel Touma avec ses camarades pour empêcher la destruction totale de la Terre.