Deux années se sont évanouies depuis l'abdication de Sephiroth. Cloud Strife, mercenaire retiré de tous, apprend qu'une maladie ravage le monde : le fléau "Géostigma" corrompt ce qu'il frôle, il offre la mort à ses victimes. Effrayé par l'avancement de cette nouvelle terreur, Cloud part à la recherche de ses anciens compagnons et les réunit pour combattre un étrange trio, composé de copies physiques de Sephiroth.

Il s'agit d'une version plus longue de Final Fantasy VII : Advent Children. Le film contient un certain nombre de scènes retravaillées ainsi que des scènes inédites faisaient, pour certaines, directement écho au jeu Crisis Core. Le combat final a également été modifié. L'histoire se déroule deux ans après la victoire de Cloud sur Sephiroth. La Shinra n'est désormais plus que l'ombre d'elle-même, mais quelques Turks fidèles à Rufus se rendent dans le cratère pour y récupérer un mystérieux objet. Quelques jours plus tard, Cloud est attaqué par trois garçons très étranges le surnommant "grand-frère" et lui demandant où il a caché leur "mère".