Deux années se sont évanouies depuis l'abdication de Sephiroth. Cloud Strife, mercenaire retiré de tous, apprend qu'une maladie ravage le monde : le fléau "Géostigma" corrompt ce qu'il frôle, il offre la mort à ses victimes. Effrayé par l'avancement de cette nouvelle terreur, Cloud part à la recherche de ses anciens compagnons et les réunit pour combattre un étrange trio, composé de copies physiques de Sephiroth.