En 2010, le gouvernement des Nations unies de la Terre a mis fin à la Ière Guerre Spatiale avec les géants Zentradi. La Terre étant ravagée, des flottes coloniales destinées à trouver de nouveaux mondes habitables sont envoyées aux quatre coins de la galaxie régulièrement. Nous sommes en 2045. Cela fait sept ans que la 37e flotte d'émigration commandée par le New-Macross 7 se dirige vers le centre de la Voie lactée. Alors que la flotte s'approche du système solaire de Varauta, elle est attaquée par un étrange ennemi dont les appareils ressemblent étrangement à ceux utilisés par les Nations Unies. Les Varauta utilisent un rayon absorbant l'énergie vitale des humains, la spiritia, ce qui plonge les victimes dans un état comateux. L'armée est complètement dépassée par les évènements. Le seul espoir semble provenir d'un groupe de rock et de son chanteur, Nekki Basara, dont les chansons, comme celles de Lynn Minmay, perturbent les ennemis