Nagisa Akira, scolarisée dans l'église St-Bethléem, est connue pour être la réincarnation de la vierge Marie. Mais elle n'apprécie pas vraiment ce statut et préférerait être traitée comme une adolescente normale, notamment par son ami d'enfance Seishirô avec qui elle n'entretient plus qu'une relation de maître à serviteur. Alors qu'elle sort de ses heures de cours, Akira est attaquée par deux individus apparemment non-humains. Alors que la fin semble proche pour elle, survient Takagi Chrome, un agent ayant apparemment été envoyé par le Saint Siège pour protéger la "Fille de Marie"...