Nous sommes an l'an UC0096, soit plus de seize ans après la fameuse Guerre d'Un An qui vit s'affronter la Fédération Terrestre et la Principauté de Zeon dans le tout premier Mobile Suit Gundam.
Sur la colonie spatiale Industrial 7, toujours en construction, le jeune orphelin Banagher Links se prépare à poursuivre ses études. Sa rencontre avec une mystérieuse fille se faisant appeler Audrey est le déclencheur d'une série d'évènements d'une ampleur historique.
Ainsi, alors que sa colonie est attaquée par de puissants ennemis se revendiquant de Néo-Zeon, Banagher prendra le contrôle d'un Mobile Suit spécial, le Gundam Unicorn. Cette machine de combat détient dans son CPU les coordonnées d'une arme paraît-il capable d'assurer la victoire de Zeon sur la Fédération : la Boîte de Laplace. Banagher, seul capable de piloter l'Unicorn, doit alors prendre conscience des ses responsabilités.