Clannad nous raconte la vie d'un jeune lycéen, Okazaki Tomoya, qui s'avère être un recalé, également vu par les autres comme un délinquant. Plutôt lassé de sa vie, ses journées s'avèrent être trop monotones, rien qui ne relève le défi de l'intéresser. Il espère donc voir sa vie changer un jour, et fera la rencontre de Furukawa Nagisa, étudiante dans le même lycée que lui, et qui semble plus mystérieuse qu'elle ne paraît. Ce dernier commencera à faire des rêves étranges, peut-être liés à cette rencontre, et ne cessera de rencontrer une à une des filles ayant chacune des personnalités particulières. C'est ainsi que la vie de Tomoya sera bouleversée comme il ne l'aurait jamais imaginé !