L'histoire nous entraîne dans le quotidien de femmes anthropomorphes, mi-femme mi-cheval, aux capacités de course à pied impressionnantes. Elles désirent devenir les meilleures idols et participer à la compétition de sport "Twinkle Series." Pour y arriver, elles étudient à l'académie Nihon Uma Musume Training Center Gakuen, sous la tutelle de différents professeur qui vont les aider à faire leurs débuts.