L'histoire se déroule en novembre 2010, dans la ligne de l'univers Bêta, alors qu'Okabe Rintarou n'a pas réussi à "la" sauver, ce fameux 28 juillet et a fini par revenir seul. Cependant, Okabe ne sait pas que Kurisu est toujours là… Zero est une histoire annexe qui explore les événements de l'avenir de Bêta qui contribuent à rendre possible la fin de l'histoire originale.

Dans un quartier d'Otaku à Akihabara, un groupe d'amis modifient leurs micro-ondes de manière à en faire un dispositif qui leur permet d'envoyer des messages écrits vers le passé. Une organisation, CERN, a mené différentes recherches à propos des voyages temporels. À présent, le groupe, ayant effectué plusieurs expériences diverses, doit absolument éviter de se faire capturer par cette organisation qui les perturbent en les traquant...