Durant l'été de l'année 2011 du calendrier impérial, le Saint Empire de Britannia déclare la guerre au Japon. Après un mois d'affrontement, le Japon est vaincu et l'Empire retire aux Japonais leur liberté, leurs droits et leur nom. Le Japon est rebaptisé "Area 11" et les Japonais, des Elevens. Durant cette guerre, deux enfants assistent au massacre, et l'un d'eux jure de détruire Britannia. Sept ans plus tard, Lelouch, un jeune étudiant Britannien, s'ennuie à mourir dans la petite colonie et passe son temps libre à jouer aux échecs contres des nobles ou à s'occuper de sa petite soeur aveugle et paraplégique : Nanally. Mais Lelouch n'est pas un étudiant comme les autres. Son meilleur ami, Suzaku, est l'un des Eleven admit à l'Académie, chose que les autres élèves Britannien ont du mal à concevoir, c'est pourquoi Suzaku l'évite. Un jour, Lelouch aperçoit un avion militaire ay