L'histoire de Planetes se déroule au 21ème siècle alors que les hommes ont conquis l'espace. Désormais, les humains pillent les ressources naturelles des planètes. C'est le cas de la Lune pour ses ressources minières et se sera bientôt le tour de Jupiter. Cependant, cette colonisation présente un inconvénient de taille : les débris rejetés polluent l'espace.

Cela a entrainé l'apparition d'un nouveau métier, celui d'éboueur de l'espace. Nous suivons l'équipage du "Toy box" qui fait partie de ce nouveau genre "d'éboueur". A son bord, trois personnes venues de divers horizon : Fi, une Américaine, Hachi, un Japonais, et Yuri, un Russe...