L'académie Kamizono est un établissement qui ne fait pas de différence de niveau. Ici, ce qui compte, ce sont les capacités et les facultés des étudiants. Ayumi débarque dans cette nouvelle école. Timide, elle peine à nouer des relations avec les gens de son âge mais lorsqu'elle rencontre la turbulente Torako, tout semble changer !

Hyakko a lieu dans une division de lycée d'académie de Kamizono (Kamizono Gakuen), un établissement privé colossal fictif situé dans Ky?sh?, Japon, auquel la devise est "d'évoquer des talents des étudiants dans tous les départements et domaines". Son argument se concentre sur la la vie comique d'école des quatre héroïnes, Torako Kageyama, Ayumi Nonomura, Tatsuki Iidzuka, et Suzume principaux Sao Tomé. Pendant que la parcelle de terrain progresse, Torako et ses amis commencent graduellement à apprendre et agir l'un sur l'autre avec leurs camarades de classe dans la classe 1-6, dans lequel chaque étudiant a la personnalité unique et extraordinaire.