Japon, 1615. Arrivé au pouvoir en écrasant Hideyori Toyotomi, Ieyasu Tokugawa compte bien assoir son autorité dans le temps. Il forme donc une milice qui a pour mission de traquer les survivants du clan Toyotomi. Ceux qui s'opposent à lui sont exécutés par le dieu de la guerre, Kibitsuhiko-no-mikoto.

Cependant, sept guerriers de l'ombre font leur apparition. Ce sont les sept lames d'Efu, les Ninjas Onshin !