En 2024, quinze ans après qu’un mystérieux cataclysme a ravagé le Japon, la nouvelle génération est élevée par des scientifiques et leurs robots dans un immense jardin coupé du reste du monde. Surnommé « Le Paradis », l’endroit sert à protéger les enfants du monde extérieur, dans lequel sont apparus de dangereux monstres dévoreurs d’humains. C’est dans ce contexte que Maru et Kiruko, deux adolescents de la génération post-apocalypse, scillonne ce qui était autrefois Tokyo dans l’objectif d’atteindre le fameux Paradis, pour enfin pouvoir mener une vie paisible. Mais tandis qu’eux cherchent à atteindre cet éden qui semble inaccessible, les enfants qui ont la chance d’y vivre se questionne sur l’extérieur. Qu’y a-t-il vraiment au-delà des murs protecteurs ?